Analyse statistique des objets présents sur une lame (wholeslide)

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  • Assignee: Olivier Debeir
  • Creator: Olivier Debeir
  • Started:
  • Created: 14/03/2022 16:16
  • Modified: 14/03/2022 16:17
  • Moved: 14/03/2022 16:16
  • DNN
Description

Le projet consiste à faire l'inventaire sur base d'une recherche non supervisée d'objets (clustering). Un pré-processing consistant à un encodage par DNN sera envisagé. Les images sont acquise par un scanner de lame à champ clair.

Contact:

olivier.debeir@ulb.be

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#1305 Analyse statistique des objets présents sur une lame (wholeslide) (MFE published - Assigned) Olivier Debeir
Comments
Olivier Debeir
Olivier Debeir Created at: 15/03/2022 11:36 Updated at: 15/03/2022 11:36

Comme proposé, via wetransfer, quelques articles phytolithes qui touchent à notre conversation d'hier:

  • Babot et al, 2017, pg 140: modèles 3D de phytolithes d'Argentine. Ces modèles concernent ce que nous appelons des Grass Silica Short Cell Phytoliths (GSSCP) dont relèvent les Rondel. Un modèle de ces dernières est d'ailleurs présenté;
  • les autres articles concernent les tentatives de reconnaissance automatique:
  • Evett & Cuthrell, 2017 est un article programmatique qui traite autant de la confocale, reconnaissance automatique, morphométrie et statistique. En termes programmatiques, cet article est une référence dans mon domaine;
  • Cail & Ge discute des machine learning algorithmes pour des Bilobe qui est un des types de GSSCP
  • Diaz-Pastor et al. 2020, une étude de classification automatique;
  • Gallaher et al (& SOM): à ma connaissance, l'unique étude de phytolithes (toujours des GSSCP mais pour les taxons ancestraux) en microscopie confocale qui se retrouve liée à une automatisation de la reconnaissance des phytolithes.

Voilà de quoi débroussailler la problématique. Normalement, j'ai transmis ces articles à Arnauld et Henri-Louis. j'espère n'en avoir oublié aucun, de part ou d'autre.