segmentation ménisque

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  • Assignee: Olivier Debeir
  • Creator: Olivier Debeir
  • Started:
  • Created: 18/11/2020 10:33
  • Modified: 18/11/2020 10:35
  • Moved: 18/11/2020 10:33
Description

  • Valider la méthodologie de segmentation manuelle 3D par IRM des ménisques interne et externe et obtenir la volumétrie méniscale ainsi que d’autre paramètres si cela est possible.

  • Valider la méthodologie de segmentation automatisée informatiquement 3D en se basant sur la méthode de « convolutional neural networks ».

  • Évaluer si le genou controlatéral peut être utilisée de manière fiable pour le dimensionnement du ménisque (ce qui aurait un intérêt notamment pour les greffes méniscale).

contact:

odebeir@ulb.ac.be, Jérôme Valcarenghi jerome.valcarenghi@gmail.com

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Olivier Debeir
Olivier Debeir Created at: 18/11/2020 10:33 Updated at: 18/11/2020 10:33

Jérôme Valcarenghi

10:03 AM (28 minutes ago)

to Olivier
Bonjour, pas de soucis.
Je suis disponible sans soucis.

Vous pouvez m'envoyer un sms au 0468361339 lorsque vous serez disponible.

Le mer. 18 nov. 2020 à 10:00, Olivier Debeir odebeir@ulb.ac.be a écrit :

Bonjour,
je serai un peu en retard, mon cours n'est pas encore terminé

On Tue, Nov 17, 2020 at 10:16 AM Olivier Debeir <odebeir@ulb.ac.be> wrote:

    C'est noté,
    mon GSM : 0478 845 165

    à mercredi
    Olivier

    On Tue, Nov 17, 2020 at 10:07 AM Jérôme Valcarenghi <jerome.valcarenghi@gmail.com> wrote:

        Super.

        Je n'ai pas encore utilisé TEAMS mais cela ne dois pas être très compliqué.

        Oui mon adresse mail ULB est: jerome.valcarenghi@ulb.ac.be

        Puis-je avoir votre numéro de téléphone afin de vous envoyer un sms quand je suis disponible (entre 10h et 12h) pour la connection TEAMS ?

        En vous remerciant encore pour votre temps et votre investissement

        Jérôme

        Le lun. 16 nov. 2020 à 11:49, Olivier Debeir <odebeir@ulb.ac.be> a écrit :

            Parfait,
            le plus simple serait d'utiliser Teams, avez-vous une adresse ULB ?
            je mets mon collègue Egor Zindy en CC: pour qu'il puisse participer au débat (s'il est disponible sur ce créneau horaire)

            bien cordialement
            Olivier

            On Mon, Nov 16, 2020 at 11:32 AM Jérôme Valcarenghi <jerome.valcarenghi@gmail.com> wrote:

                Bonjour Monsieur,

                Oui je suis d'accord que c'est un sujet qui demandera pas mal de travail. Je pense que nous pourrions en tirer au minimum 1 publication.

                En ce qui concerne la base de données utilisée dans l'article que je vous ai envoyé est apparement en accès libre.  (Par exemple: https://nda.nih.gov/oai/)

                Pas de soucis, je vais m'arranger pour me libérer entre 10 et 12h mercredi afin de discuter avec vous.

                Comment puis-je vous joindre ? Par téléphone / vidéoconférence ?

                En vous remerciant encore énormément  pour votre temps et pour l'intérêt que vous portez à ces recherches.

                Je vous souhaite une très bonne journée

                Jérôme

                Le lun. 16 nov. 2020 à 09:39, Olivier Debeir <odebeir@ulb.ac.be> a écrit :

                    Bonjour,
                    J'ai regardé la référence en question, reproduire l'article nécessite sans doute pas mal de travail, différentes techniques sont mises en oeuvre, et requièrent assez bien de données de référence
                    pour d'une part alimenter le statistical shape model et les DNN d'autre part.
                    Nous avez au Lisa plusieurs chercheurs dont les compétences pourraient convenir et qui pourraient collaborer en vue d'une publication;
                    une autre possibilité est de faire intervenir un étudiant sous forme d'un projet d'année, mais malheureusement ceux-ci ont déjà débuté,
                    la question du nombre de données déjà disponibles est aussi cruciale, en effet ces modèles en nécessitent beaucoup.
                    je serai disponible par exemple mercredi entre 10h et 12h pour en parler plus en détails,

                    bien cordialement,

                    Olivier

                    On Mon, Nov 16, 2020 at 9:05 AM Jérôme Valcarenghi <jerome.valcarenghi@gmail.com> wrote:

                        Cher professeur,

                        Merci pour votre réponse à la demande du Professeur Bontempi.

                        Je suis en 5ème année du Master en Chirurgie Orthopédique au sein de l'Université Libre de Bruxelles (Belgique).

                        Depuis le début de ma formation et étant ancien sportif, je me suis beaucoup intéressé aux pathologies du membre inférieur et, en particulier, du genou.

                        Dans le cadre de mon mémoire de fin de Master complémentaire en Chirurgie Orthopédique, que je défendrais en juin 2022 et de ma future thèse de doctorat et ayant pris connaissance de votre expertise, je me permets de vous contacter. 

                        Mon mémoire, intitulé « Évaluation volumétrique méniscale par reconstruction RMN-3D », a pour but de jeter les bases d'une étude plus approfondie (thèse de doctorat) qui évaluerait l'impact des méniscectomies ou des sutures méniscales sur la fonction neuromusculaire du genou et déterminerait s'il existe une corrélation avec le volume épargné.

                        Il s'agit d'un étude propective pour laquelle, j'ai déjà 50 RMN e genou bilatéraux (en séquence VISTA).

                        A cette fin, voici les objectifs :

                        -      Valider la méthodologie de segmentation manuelle 3D par IRM des ménisques interne et externe et obtenir la volumétrie méniscale ainsi que d’autre paramètres si cela est possible.

                        -       Valider la méthodologie de segmentation automatisée informatiquement 3D en se basant sur la méthode de « convolutional neural networks ».

                        -       Évaluer si le genou controlatéral peut être utilisée de manière fiable pour le dimensionnement du ménisque (ce qui aurait un intérêt notamment pour les greffes méniscale).

                        Pour ce faire, je dois valider manuellement la segmentation du ménisque interne et externe de genou bilatéralement, ce qui est un processus très exigeant en temps et en expertise.

                        J'ai récemment lu avec beaucoup d'intérêt plusieurs publications concernant la reconstruction automatisée des ménisques en 3D. 

                        La plus intéressante publiée dans une grosse revue et dont les auteurs ont mis en accès libre leurs codes sources.

                            Knee menisci segmentation using convolutional neural networks: data from the Osteoarthritis Initiative DOI: 10.1016/j.joca.2018.02.907)

                        Je crois qu'une reconstruction informatisée des ménisques fournirait des données essentielles et passionnantes aux chirurgiens orthopédistes dans la pratique courante. Les champs d’applications sont multiples. Mes idées sont nombreuses et seront étudiées dans ma thèse et dans d’autres études.

                        C’est dans cette optique que je me permets de prendre contact avec vous car l’élaboration d’un programme utilisant le « convolutional neural networks » dépasse largement mes compétences. 

                        Seriez-vous intéressé de travailler ensemble sur ce projet ? 

                        Si ce n’était pas le cas, auriez-vous un/des collègues vers qui me tourner ?

                        Pourrions-nous nous rencontrer afin d’en discuter ?

                        Je suis trop motivé par la perspective d'approfondir mes connaissances, de développer des relations de travail pluridisciplinaire et de mener des études scientifiques de qualité afin de faire évoluer notre pratique.

                        En vous remerciant de votre temps et en vous souhaitant une très bonne journée,

                        Dr Valcarenghi Jérôme

                        Chirurgie orthopédique

                        1-78977-85-048

                    -- 
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                    DEBEIR Olivier, Ir Pr
                    Universite Libre de Bruxelles
                    LISA - IMAGE
                    (Laboratories of Image, Signal processing and Analysis)
                    Universite Libre de Bruxelles CP 165/57
                    50, av. Franklin Roosevelt
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