segmentation des cellules cervicales

  • Swimlane: 2020-2021
  • Column: Done
  • Position: 3
  • Assignee: Olivier Debeir
  • Creator: Olivier Debeir
  • Started: 01/10/2020 00:00
  • Created: 25/09/2020 10:23
  • Modified: 05/10/2021 11:07
  • Moved: 05/10/2021 11:07
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Comments
Olivier Debeir
Olivier Debeir Created at: 20/10/2020 12:35 Updated at: 20/10/2020 12:35

grand challenge

https://cs.adelaide.edu.au/~carneiro/isbi14_challenge/dataset.html

Olivier Debeir
Olivier Debeir Created at: 13/01/2021 08:24 Updated at: 13/01/2021 08:24

Paty Nguems

AttachmentsTue, Jan 12, 8:42 PM (11 hours ago)

to adrien.foucart, Olivier
Bonjour monsieur ,
J'espère que vous allez bien.
Par rapport au a mon PROJ-H 419 qui porte sur le défi de segmentation et de détection d'images de cytologies qui se chevauchent .

https://cs.adelaide.edu.au/~carneiro/isbi14_challenge/dataset.html.
Mon choix s'est porté sur la partie segmentation c’est-à-dire dans ce défi, les cibles sont d'extraire les limites du cytoplasme et du noyau individuels à partir d'images de cytologie cervicale qui se chevauchent. Et dès lors vous m'avez demandé de caractériser les 8 images synthétiques que j'avais. Ce qui a été fait et qui se trouve dans powerpoint attaché à ce mail .

Après cela j'ai évaluer le travail, c'est vrai que les résultats sont donnés à partir de matlab et les mesures de performances sont faites à partir des fonctions suivantes :

évaluerCytoSegmentation.m : Fonction pour évaluer le résultat.

SegEvaluateJIDiceTPRFPR.m : Fonction sur la mesure d'évaluation, appelée par evaluCytoSegmentation.m.

CytoScriptExample.m : Exemple de script pour appeler la fonction evaluCytoSegmentation.m.

J'ai décidé d'utiliser comme logiciel Jupyter notebook(anaconda) et donc ducoup deux méthodes de segmentations celle automatique comme le watershed et celle non automatique , j'espère être sur la bonne voie.
mais cependant vu que les différentes cellules sont chevauchés je n'ai pas de solution pour la segmentation des cellules qui se trouvent en dessous .
je vous prie de m'aider
Je vous remercie
cordialement.

Olivier Debeir
Olivier Debeir Created at: 20/04/2021 09:17 Updated at: 20/04/2021 09:17

Bonjour monsieur, j'espère que vous allez bien.

      Je m'appelle NGUEMEWE DONGMO PATRICIA.

      Par rapport au projet PROJ-H419, comme vous m'avez conseillé ; j'ai parcouru les différents challenges et j'ai été de nouveau intéressé par  le défi du grand challenges de la page 6

' Défi de segmentation d'images de cytologie cervicale qui se chevauchent '

L'objectif de ce dernier est : segmentation des cellules cervicales qui se chevauchent à partir du défi d'image de cytologie à profondeur

Pour ce défi j'ai les données et les résultats sont déjà disponible. Voici le lien pour la base de données

https://cs.adelaide.edu.au/~carneiro/isbi14_challenge/dataset.html